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思想家公社的门口:量 子化学·分子模仿·二次元
日期:2021-02-23 15:38

文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2




这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助,有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关,所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大,内容杂,应善用搜索功能,比如需要找在线对接的服务器就搜“对接”。

下列网址在写入本文时均可访问,若无法访问可尝试代理,若确实网址已改变请告诉我。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要Java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充,我也会在日后逐渐补充。


===================== 1 在线信息数据库部分 =====================

√ 在线基组和赝势数据库一览:


pKa和键解离能数据库iBonD:
简介:南开&清华的人搞的包含大量室温下pKa和键解离能(BDE)数据,有理论数据也有实验数据。


POTLIB势能面数据库:

简介:包含各类体系共约300个势能面的库,势能面是以Fortran子程序来表现的,可以计算出不同核坐标下体系的Born-Oppenheimer能量和导数。

virtualchemistry.org:
简介:可以从中检索到分子热力学性质,其中一百多个有OPLS-AA和GAFF力场的用于Gromacs的拓扑和结构文件。

lipidbook:
简介:脂力场数据库,可以根据兼容的力场类型、MD软件和脂分子类型来搜索需要的力场数据,并且可以直接下载。

DEGDB:
简介:包括S22、S66等弱相互作用测试集的由不同理论方法和基组得到的结果,以及这些数据集所含体系的几何结构。

GMTKN30数据库:
简介:GMTKN30是一个全面的检验量子化学理论方法计算精度的测试集,此数据库包含了测试集的参考数据和分子几何结构。

QCLDB II计算化学文献数据库:
简介:免费注册,用户名和密码会立刻发到邮箱里。可以通过基组名、理论方法名、时间、计算的化合物的名称及属性、作者、刊物等方式检索出相应的计算化学文献。搜索功能不是很好用。

√ ChemSpider小分子信息整合数据库:
简介:是当前众多的在线分子数据库的信息整合,便于用户搜索,数据来自200种数据库。根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索,会列出分子平面结构、实验测定的和由ACD/Labs、EPISuite、ChemAxon软件预测的理化性质(LogP、LogD(PH=5.5和7.4时)、水溶性、分子体积、密度、沸点、闪点、蒸汽压、气化焓、折光率、可极化率、表面张力、SASA等),以及毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等诸多信息,某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。点击左上角的分子图形窗口上方的3D标签,再点击下方的SAVE,可以获得由Marvin预测的分子的三维结构。

√ SDBS光谱数据库:
简介:很好的有机化合物光谱数据库,包含六类光谱:EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物,其中以商业化学试剂为主,约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的,并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。

√ NIST化学动力学数据库:
简介:包含38000个基元反应的的化学动力学数据,包括指前因子、活化能等信息。搜索方便,比如反应物输入H2和O2就可以搜索相应的反应。

生物核磁共振数据库:

NIST原子光谱数据库:
NIST双原子、三原子、烷烃的微波光谱数据库:

NIST基本物理常数数据库:
简介;可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系,如hartree->eV

√ NIST化学数据库:
简介:是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件,可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、红外/紫外/气象色谱/质谱等信息,部分分子包含3D结构。

√ NIST计算化学比较和基准数据库(CCCBDB):
简介:此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果,也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣,此数据库内容在不断增加。

√ 量化频率计算校正因子:
简介:实际上就是CCCBDB的一个子页面,比较重要故单独列出。

Truhlar课题组提供的量化频率校正因子:

IUPAC金属络合物稳定常数数据库:
注:需要付费,可免费下载试用版。

RESP ESP charge DDataBase(REDDB):
简介:分子的RESP电荷的数据库

Uppsala Electron Density Server(EDS):
简介:获得蛋白质结构一般通过X光衍射得到电子密度分布,然后拟合、优化得到原子坐标。RCSB蛋白质数据库只提供原子坐标,而一部分原始电子密度分布则可以通过此网站得到。

The Electron Microscopy Data Bank(EMD):
简介:提供利用电子显微镜获得的电子密度分布文件,主要是亚细胞级别的生物大分子。可以直接在线观看。一些文献上写着比如EMD-1405,就是指在这个数据库中的编号。

√ 上海有机所化学专业数据库:
简介:十分有用的数据库,免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。

原子间势参数数据库:

ChemBioFinder:
简介:根据分子质量、名称或者自行绘制结构,从几十万分子中搜索,得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。

Sigma-Aldrich公司产品数据库:
简介:右上角输入化合物的名字,搜索到后进入相应条目,如果在POPULAR DOCUMENTS里面有FTNMR字样,就可以进入察看NMR谱。也可以获得化合物的一些物性数据,但不全面。

百奥知识数据库:
简介:一个生物信息数据库的比较全的列表,每个数据库有简单官方介绍。

UniProt(universal protein resource):
简介:整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库,可以得到蛋白质序列、相关文献、人工(有黄色五角星标识)或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。还可以进行序列对比、BLAST搜索。

BioPath.Explore:
简介:含上千种与生化反应相关的分子和反应的BioPath数据库的在线访问界面。输入分子结构或限定条件(如LogP、分子量、酶的EC号),可以从数据库中找到相关的分子、生化反应和相应的酶的详细信息。

PDB Wiki:
简介:基于PDB数据库,对蛋白质进行了简单分类,访问者可以给每个蛋白添加注释。

MOLE db:?r=1
简介:分子描述符数据库,包括对20多万个分子计算的1000余种分子描述符,可以通过分子登记号、分子名称、分子化学式和各种分子描述符的数值范围进行搜索,查询到分子后可以获得它们的已计算好的各种分子描述符的数值。

DrugBank:
简介:记录了5千个左右药物分子及其相应的靶标分子的详细信息,并提供结构文件。

BindingDB:
简介:数据库收录了标靶分子和药物小分子的结合亲和性信息,现包含3千余个标靶分子,24万个配体小分子,54万余条结合数据。既可以通过标靶分子查询能与之结合的配体小分子,也可以通过配体小分子查询它的标靶分子,同时给出delta_G、delta_H、-T*delta_S、IC/EC50、PH等信息。

PDTD(Potential Drug Target Database):
简介:此数据库意义不大。通过PDB ID、名称、生化类型、治疗区域查询标靶分子,给出此分子在DrugBank等数据库的链接。

TTD(Therapeutic Target Database):
简介:既可以通过标靶分子查询能与之结合的配体小分子,也可以通过配体小分子查询它的标靶分子,同时给出参考文献、它在其它各个数据库的登记号及链接、相关的疾病、同义词、药物分子是否被推荐等信息,并提供分子结构文件。搜索标靶分子时不仅可以通过它的名称和所属分类,还可以输入残基序列来搜索相似蛋白,搜索配体分子时可以上传结构文件用相似性算法搜索相关配体分子。
CLiBE(Computed Ligand Binding Energy):
简介:包含六万多个计算的配体-受体结合自由能数据,包括各个分量能量项以及配体特征。
此网站还有其它几个数据库:
KDBI(Kinetic Data of Bio-molecular Interaction)包含了生物分子反应动力学数据。
TCM-ID(the Traditional Chinese Medicine Database Information Database)传统中国药物数据库。
等等

pKa在线数据库:~ivo/HA.html
简介:包含好几个酸度/碱度在线数据库的连接和简要介绍。

明尼苏达大学非共价相互作用数据库
简介:包含了一些非共价相互作用体系的结构、相互作用精确值和一些DFT泛函下的计算值。数据不多。

PDBsum:
简介:输入PDB ID或者序列,显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要,可调用PROCHECK分析结构,可在线观看3D结构。

DisProt:
简介:蛋白无序度数据库,包含很多蛋白的无序区域信息,在主页面左边Disorder Predictors提供了不少在线预测无序度的网站。

PK/DB:
简介:药物分子性质数据库,包含一千多个分子。可以获得药物功能、药代动力学属性(人体小肠吸收、口服药物生物利用度、血浆蛋白结合度、血脑屏障、分布容积、半衰期、肾清除率)。并且免费提供药物分子属性预测服务(不是实时在线的)。

物竞化学品数据库:
简介:可以查到10万多种小分子的物性、毒性、结构参数、光谱图等数据,内容不很全。

CHESHIRE CCAT:。
简介:包括105种有机分子的H1和C13 NMR数据。网站还包括了NMR计算方法讨论,给出了不同水平下的校正因子等。还包括一些质子-质子耦合常数数据。

SwissSidechain:
简介:包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。



===================== 2 结构数据库部分 =====================
The Cambridge Energy Landscape Database:

简介:汇集了许多不同类型的原子和分子团簇的极小点结构和能量。

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